وی پی 35 اور یوبیکیوٹین (پی ڈی بی آئی ڈی 3 جے کے ای) کا کمپلیکس پروٹین ڈاکنگ اور مالیکیولر ڈائنامکس سمیلیشنز کے امتزاج کا استعمال کرتے ہوئے بنایا گیا ہے۔ K48 اور K63 Ub کے باقیات کو نیچے بائیں طرف سیان میں اور Ub کے اندر دائیں طرف C-ٹرمینل میں دکھایا گیا ہے۔ کمپلیکس کے استحکام میں معاون سب سے مضبوط تعاملات میں سے ایک اے آر جی 225-جی ایل یو 18 ہے۔