VP35 ਅਤੇ Ubiquitin (PDB ID 3JKE) ਦਾ ਕੰਪਲੈਕਸ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਡੌਕਿੰਗ ਅਤੇ ਮੌਲੀਕਿਊਲਰ ਡਾਇਨਾਮਿਕਸ ਸਿਮੂਲੇਸ਼ਨ ਦੇ ਸੁਮੇਲ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਕੇ48 ਅਤੇ ਕੇ63 ਯੂਬੀ ਰਹਿੰਦ ਖੂੰਹਦ ਨੂੰ ਯੂਬੀ ਦੇ ਅੰਦਰ ਹੇਠਾਂ ਖੱਬੇ ਪਾਸੇ ਸਾਇਆਨ ਅਤੇ ਸੱਜੇ ਪਾਸੇ ਸੀ-ਟਰਮੀਨਲ ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਕੰਪਲੈਕਸ ਦੀ ਸਥਿਰਤਾ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਣ ਵਾਲੇ ਸਭ ਤੋਂ ਮਜ਼ਬੂਤ ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਏ. ਆਰ. ਜੀ. 225-ਜੀ. ਐਲ. ਯੂ. 18 ਹੈ।