VP35 र Ubiquitin (PDB ID 3JKE) को जटिल प्रोटीन डकि and र आणविक गतिशीलता सिमुलेशनहरूको संयोजन प्रयोग गरेर मोडेल गरिएको छ। K48 र K63 Ub अवशेषहरू तल बायाँमा स्यानमा र Ub भित्र दायाँमा C-टर्मिनलमा देखाइएका छन्। कम्प्लेक्सको स्थिरतामा योगदान पुर्याउने सबैभन्दा बलियो अन्तरक्रियाहरू मध्ये एक एआरजी 225-जीएलयू 18 हो।