व्ही. पी. 35 आणि युबिक्विटिन (पी. डी. बी. आय. डी. 3जे. के. ई.) चे संकुल प्रथिने डॉकिंग आणि आण्विक गतिशीलता अनुकरणांच्या संयोजनाचा वापर करून तयार केले गेले. के48 आणि के63 यूबी अवशेष यूबीच्या आत तळाशी डावीकडे सायनमध्ये आणि उजवीकडे सी-टर्मिनलमध्ये दर्शविले आहेत. ए. आर. जी. 225-जी. एल. यू. 18 हा या संकुलाच्या स्थिरतेसाठी योगदान देणारा सर्वात मजबूत परस्परसंवाद आहे.