പ്രോട്ടീൻ ഡോക്കിംഗിന്റെയും മോളിക്യുലർ ഡൈനാമിക്സ് സിമുലേഷനുകളുടെയും സംയോജനം ഉപയോഗിച്ചാണ് വിപി 35, യുബിക്വിറ്റിൻ (പിഡിബി ഐഡി 3ജെകെഇ) എന്നിവയുടെ സമുച്ചയം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തത്. K48, K63 Ub അവശിഷ്ടങ്ങൾ താഴെ ഇടതുവശത്ത് സയാനിലും Ub-നുള്ളിൽ വലതുവശത്ത് C-ടെർമിനലിലും കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. സമുച്ചയത്തിന്റെ സ്ഥിരതയ്ക്ക് കാരണമാകുന്ന ഏറ്റവും ശക്തമായ ഇടപെടലുകളിലൊന്നാണ് എആർജി 225-ജിഎൽയു 18.