वी. पी. 35 और यूबीक्विटिन (पी. डी. बी. आई. डी. 3जे. के. ई.) के परिसर को प्रोटीन डॉकिंग और आणविक गतिकी अनुकरण के संयोजन का उपयोग करके तैयार किया गया है। के48 और के63 यूबी अवशेषों को यूबी के भीतर नीचे बाईं ओर स्यान में और दाईं ओर सी-टर्मिनल में दिखाया गया है। परिसर की स्थिरता में योगदान देने वाली सबसे मजबूत अंतःक्रियाओं में से एक ए. आर. जी. 225-जी. एल. यू. 18 है।