VP35 અને યુબીક્વિટિન (PDB ID 3JKE) નું સંકુલ પ્રોટીન ડોકીંગ અને મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ સિમ્યુલેશનના સંયોજનનો ઉપયોગ કરીને તૈયાર કરવામાં આવ્યું છે. K48 અને K63 Ub અવશેષો નીચે ડાબી બાજુએ સ્યાનમાં અને Ubની અંદર જમણી બાજુએ C-ટર્મિનલમાં દર્શાવવામાં આવ્યા છે. સંકુલની સ્થિરતામાં ફાળો આપતી સૌથી મજબૂત ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાંની એક એ. આર. જી. 225-જી. એલ. યુ. 18 છે.