ভিপি35 এবং ইউবিকুইটিন (পিডিবি আইডি 3জেকেই) কমপ্লেক্সটি প্রোটিন ডকিং এবং আণবিক গতিবিদ্যার সিমুলেশনগুলির সংমিশ্রণ ব্যবহার করে তৈরি করা হয়েছে। কে48 এবং কে63 ইউবি অবশিষ্টাংশগুলি ইউবির মধ্যে নীচের বামদিকে সায়ানে এবং ডানদিকে সি-টার্মিনালে দেখানো হয়েছে। কমপ্লেক্সের স্থিতিশীলতায় অবদান রাখা সবচেয়ে শক্তিশালী মিথস্ক্রিয়াগুলির মধ্যে একটি হল এআরজি225-জিএলইউ18।